Prodi pendidikan agama islam (PAI) FakultasAgama Islam Universitas Ahmad Dahlan mempunyai sejarah panjang. Awalnya, Prodi PAI merupakan bagian kelembagaan dari Sekolah Tinggi Ilmu Tarbiyah Muhammadiyah (STITM) Wates. Sejarah perjalanan STITM Wates tidak terlepas dari Institut Agama Islam Muhammadiyah Surakarta yang berdiri di Wates pada Tahun 1968. Dalam perjalanannya, jurusan ini telah mengalami beberapa kali perubahan status hingga pada ahirnya di tahun 2014 bergabung menjadi bagian dari keluarga besar Fakultas Tarbiyah dan Dirasat Islamiyah Universitas Ahmad Dahlan yang saat ini bernama Fakultas Agama Islam (FAI).

Mulai dari awal berdiri hingga bergabung menjadi FTDI UAD, Prodi Pendidikan Agama Islam tercatat telah meluluskan ribuan mahasiswa baik melalui program Diploma II maupun Sarjana. Sejak tahun 1968, Institut Agama Islam Muhammadiyah Surakarta membuka kelas jarak jauh yang berlokasi di Wates. Adanya kenginginan untuk membuka kelas jauh tersebut tentu tidak terlepas dari visi besar pendidikan di dalam Amal Usaha Muhammadiyah (AUM) yang memiliki konsentrasi dalam memajukan pendidikan di Indonesia. Mengingat kontribusinya yang begitu besar dalam sejarah panjang dunia pendidikan, khususnya untuk daerah Wates, Kulonprogo, maka hingga saat ini Prodi Pendidikan Agama Islam UAD memiliki dua buah kampus utama, yakni di Kampus 6 Wates Kulonprogi dan Kampus 4 Yogyakarta.

Dalam perkembangannya, Prodi PAI mulai resmi menjadi lembaga tersendiri adalah sejak dikeluarkannya SK Menteri Agama RI No: D/155/1975 tanggal 12 Juli 1975 melalui Program Sarjana Muda yang dinamakan Fakultas Tarbiyah Institut Agama Islam Muhammadiyah Wates. Tanggal 12 Juli 1975 tersebut yang nantinya dikukuhkan sebagai tanggal kelahiran resmi berdirinya STITM Wates. Pada tanggal 15 Agustus 1988 pimpinan Fakultas Tarbiyah Institut Agama Islam Muhammadiyah Wates secara resmi mengajukan surat nomor:  E-5/FT-31/1988 yang ditujukan kepada Pimpinan Daerah Muhammadiyah Majelis Pendidikan dan Kebudayaan Kabupaten Kulonprogo perihal permohonan Surat Keputusan perubahan nama dari Fakultas Tarbiyah IAIM menjadi Sekolah tinggi Ilmu Tarbiyah Muhammadiyah Wates Jurusan Pendidikan Agama Islam. Surat tersebut memperoleh tanggapan yang sangat baik dari Pimpinan Daerah Muhammadiyah Majelis Pendidikan dan Kebudayaan Kabupaten Kulonprogo, dibuktikan dengan keluarnya Surat Keputusan Nomor E-5/152/KEP/1988 pada tanggal 10 Muharram 1409 H bertepatan dengan 24 Agustus 1988 yang menyatakan bahwa mulai Tahun Ajaran 1998/1989, Fakultas Tarbiyah Institut Agama Islam Muhammadiyah (IAIM) Wates diubah namanya menjadi Sekolah Tinggi Ilmu Tarbiyah Muhammadiyah Jurusan Pendidikan Agama Islam.

Keputusan tersebut juga mendapat persetujuan dari Menteri Agama Republik Indonesia, yang relevan dengan SK Menteri Nomor 55 Tahun 1989 Tentang Penyesuaian Jalur dan Program Pendidikan Strata Satu (S1) serta Penataan Kembali Nama dan Unit Jurusan Status Terdaftar pada Perguruan Tinggi Agama Islam Swasta dalam Lingkungan Koordinator Perguruan Tinggi Agama Islam Swasta Wilayah 1, II, III, dan IX tanggal 1 Maret 1989. Sehingga nama Sekolah tinggi Ilmu Tarbiyah Muhammadiyah Wates ditetapkan dengan status terdaftar di dalam dokumentasi resmi kelembagaan pemerintah di bidang pendidikan.

Pada Tahun 1992 STITM Wates berhasil mendapatkan Status Diakui dengan ditetapkannya Keputusan Menteri Agama Republik Indonesia Nomor 40 Tahun 1992 Tentang Pemberian Status Diakui Program Sarjana (SI) Kepada Sekolah tinggi Ilmu Tarbiyah muhammadiyah Wates Jurusan Agama Islam di Wates tanggal 21 Januari 1992. Pada tahun 1998 Status Diakui tersebut ditetapkan kembali melalui Keputusan Direktur Jenderal Pembinaan Kelembagaan Islam Nomor E/41/198 Tentang Penetapan Kembali Status Diakui Program Strata Satu (SI) Jurusan Pendidikan Agama Islam (PAI) Sekolah Tinggi  Ilmu Tarbiyah Muhammadiyah Wates di Wates tanggal 27 Februari 1998.

Tahun 2000 STITM Wates memperoleh Sertifikat Akreditasi dari Badan akreditasi Nasional Perguruan Tinggi Departemen Pendidikan Nasional Republik Indonesia dengan sertifikat nomor 03073/Ak-I-III-008/SZLPBI/VI/2000 tertanggal 16 Juni 2000. Pada Tahun 2005 STITM Wates kembali memperoleh perpanjangan izin penyelenggaraan berdasarkan Keputusan Direktur Jenderal Kelembagaan Agama Islam Nomor: Dj.II/63/2005 Tentang Perpanjangan Izin Penyelenggaraan Program Studi Pendidikan Agama Islam Jurusan Tarbiyah Program Sarjana (SI) Sekolah Tinggi Ilmu Tarbiyah Muhammadiyah Wates Yogyakarta tanggal 31 Maret 2005. Pada tahun tersebut, dengan didasarkan pada Keputusan Badan Akreditasi Nasional Perguruan Tinggi Departemen Pendidikan Nasional Republik Indonesia Nomor 024/BAN-PT/Ak-IX/SI/XII/2005 tanggal 27 Desember tahun 2005, maka STITM Wates mendapatkan Nilai B yang dituangkan secara resmi ke dalam sertifikat Akreditasi Nomor 08104/Ak-IX-SI-024/SZLPBI/XII/2005 tanggal 27 Desember 2005.

Tahun 2010 STITM Wates kembali memperoleh perpanjangan izin operasional dengan Keputusan Direktur Jenderal Pendidikan Islam Nomor Dj.I/139/2010 Tentang Perpanjangan Izin Penyelenggaraan Program Studi Program Sarjana (SI) pada Perguruan Tinggi Agama Islam (PTAI0 Tahun 2010 dan pada tahun 2011 dan kembali memperoleh akreditasi B dengan Keputusan Badan Akreditasi Nasional Perguruan Tinggi Nomor: 023/BAN-PT/Ak-XIV/SI/IX/2011 Tentang Status, Nilai, Peringkat, dan Masa Berlaku Hasil Akreditasi Program Sarjana di Perguruan Tinggi tanggal 9 September 2011. Sertifikat akreditasi tersebut tertanggal pada 9 September 2011 dan berlaku hingga 9 September 2016.

Tahun 2012 STITM Wates memperoleh perpanjangan izin penyelenggaraan dengan Keputusan Direktur Jenderal Pendidikan Islam Nomor 593 Tahun 2012 Tentang Perpanjangan Izin Penyelenggaraan Program Studi Strata Satu (SI) pada Perguruan Tinggi Agama Islam Swasta (PTAIS) Tahun 2012 tertanggal 24 Mei 2012 dan berlaku selama 5 tahun. Dengan demikian izin operasional STITM Wates masih berlaku hingga tahun 2017 dan hasil akreditasi yang masih berlaku hingga tahun 2016 serta dapat diperpanjang kembali sesuai dengan peraturan yang berlaku.

Tetapi atas saran Majelis Pendidikan Tinggi PP Muhammadiyah yang menginginkan kemajuan bagi Perguruan Tinggi Muhammadiyah Wates serta berlakunya beberapa aturan universitas mengenai keharusan dibukanya proram studi lebih dari satu, maka STITM Wates bergabung dengan Fakultas Agama Islam di bawah naungan keluarga besar Universitas Ahmad Dahlan. Hal ini juga dilakukan untuk menantisipasi instruksi pemerintah mengenai keungkinan akan ditutupnya sekolah tinggi sejenis yang hanya memiliki satu program studi. Rencana penggabungan STITM Wates tersebut telah melewati beberapa kali pertemuan yang memberikan beberapa opsi bagi pengembangan STITM Wates hingga pada akhirnya, Majelis Dikti menggarisbawahi pengambilan keputusan pada opsi penggabungan STITM Wates ke UAD pada pertemuan tanggal 25 November 2013 di Gedung PP Muhammadiyah Yogyakarta.

Atas saran Majlis Dikti PP Muhammadiyah, maka STITM Wates mengirim surat bernomor 366/13.AU/A/2013 tertanggal 29 Muharram 1435 H bertepatan dengan 3 Desember 2013 perihal permohonan penggabungan yang kemudian ditindaklanjuti dengan Surat tugas Rektor UAD Nomor R/19/B.12/II/2014 dengan menugaskan tim yang terdiri dari unsur UAD dan STITM Wates untuk membahas rencana penggabungan STITM Wates dan UAD. Kementerian Agama RI melalui Direktur Pendidikan Islam juga mengeluarkan Keputusan Direktur Jenderal Pendidikan Islam Nomor 4468 Tahun 2014 tanggal 13 Agustus tahun 2014 Tentang Penggabungan STIT Muhammadiyah Wates dengan Fakultas Agama Islam Universitas Ahmad dahlan Yogyakarta berisi penggabungan STIT Muhammadiyah Wates dengan FAI UAD menjadi Fakultas Tarbiyah dan Dirasat Islamiyah yang disingkat FTDI. Untuk menindaklanjuti penggabungan ini maka Kementerian Agama mengeluarkan pedoman tertulis dalam surat Direktorat Jenderal Pendidikan Islam Kementerian Agama RI Nomor Dj.I/Dt.I.IV/4/PP.009/1970/2014 Tanggal 25 Agustus 2014 perihal Penyelenggaraan Pendidikan Pasca Penggabungan STIT Muhammadiyah Wates pada Universitas Ahmad Dahlan Yogyakarta. Pedoman tersebut mengatur masa transisi yang harus dilalui oleh kedua lembaga yang baru bergabung tersebut. Adapun alasan-alasan mendetail mengenai penggabungan STIT Muhammadiyah Wates dengan Universitas Ahmad Dahlan Yogyakarta adalah sebagai berikut:

1. Untuk menghadapi persaingan perguruan tinggi swasta di Yogyakarta yang semakin besar.
2. Mengantisipasi agar lebih berkembangnya Perguruan Tinggi Muhammadiyah di Kulonprogo.
3. Atas anjuran dari Majelis Pendidikan Tinggi Pimpinan Pusat Muhammadiyah dalam rapat bersama STIT Muhammadiyah Wates dengan UAD pada tanggal 25 November 2013 di Gedung PP Muhammadiyah Yogyakarta.

Semenjak berdirinya, STITM Wates telah mengalami beberapa kali pergantian kepemimpinan, sebagaimana berikut:

1. H. Afandi pada tahun 1968
2. Mubadi pada tahun 1993
3. H. Muh Hasyim Daldiri, M.Si pada tahun 1993 sampai 2008
4. H. Sutarjo, M.Si pada tahun 2008 sampai 2012
5. Drs. H. Zamzuri Umur, SS, M.Pd. pada tahun 2013 sampai 2017

Demikian sekelumit kisah perjalanan Proram Studi Pendidikan Agama Islam (PAI) dari masa berdiri hingga sekarang. Perubahan dan penggabungan dari STITM Wates hingga menjadi bagian dari Fakultas Agama Islam Universitas Ahmad Dahlan telah menjadi bukti besarnya kontribusi Muhammadiyah yang telah di berikan untuk mengembangkan pendidikan di daerah-daerah. Semoga perjalanan dan perkembanan PAI dapat lebih mewarnai perjalalan Pendidikan Islam, khususnya di wilayah Yogyakarta dan sekitarnya.